Zgromadzone przez Radę Opiekunów fundusze oraz ofiarowany przez Jana Blocha teren, pozwoliły na rozpoczęcie budowy nowego domu dla Przytułku.
3 lipca 1896 roku wmurowano kamień węgielny. Wsparcie prasy, a w szczególności Bolesława Prusa, dodatkowo zmobilizowało ofiarność mieszkańców Warszawy. Zgromadzona tym sposobem kwota oraz pomoc fizyczna pozwoliła na ukończenie budowy. Pierwsi mieszkańcy Przytułku wprowadzili się już w lipcu, a 8 grudnia 1897 roku dokonano poświęcenia domu.
17 lutego 1903 roku Rosyjskie Ministerstwo Spraw Wewnętrznych w Petersburgu oficjalnie zatwierdziło Ustawę dla Towarzystwa Przytułku św. Franciszka Salezego. Od tej pory, posiadając już własny statut, władze i finanse, organizacja mogła samodzielnie prowadzić działania Przytułku.
W domu Towarzystwa Przytułku św. Franciszka Salezego znalazły schronienie i opiekę osoby obojga płci bez względu na wyznanie. W latach 1903-1969 w murach Przytułku działało przedszkole dla dzieci do lat sześciu. Od 1909 roku do 1934 roku funkcjonowało, na zakupionej sąsiedniej działce, schronisko pod wezwaniem św. Anny. dla ubogiej młodzieży akademickiej. Prace Towarzystwa docenione zostały przez Stolicę Apostolską. W 1918 roku w trakcie wizyty w Polsce Nuncjusz Apostolski Achilles Ratti (późniejszy papież Pius XI) wsparł Towarzystwo ofiarą finansową od Ojca Świętego Benedykta XV. W latach 1939-1945 Towarzystwo Przytułku św. Franciszka Salezego prowadziło swoją statutową działalność rozszerzając ją na wszystkich potrzebujących m.in. powstańców warszawskich. W 1945 roku w domu Towarzystwa znaleźli schronienie repatrianci. Świadczona była doraźna pomoc pielęgniarska oraz żywnościowa dla ludności Warszawy.
Towarzystwo Przytułku św. Franciszka Salezego w Warszawie pomimo różnych nieprzychylnych okoliczności przetrwało i nadal prowadzi działalność statutową w swojej siedzibie. Obecnie opiekuje się 90. osobami, choć w przeszłości zdarzało się, że jednorazowo mieszkało tutaj ponad 200 osób.
W archiwum Towarzystwa zachował się Rejestr i Ewidencje wszystkich podopiecznych. Dokumentacja rozpoczyna się w 1888 roku i jest systematycznie prowadzona do dnia dzisiejszego.